Kişilerde gıda intoleransı veya gıda alerjisi olup olmadığını belirlemek her iki hastalığa ait bulguların benzerliği açısından zor olabilir. Bu ikisini birbirinden ayırmak tedavi açısından oldukça önemlidir. Gerçek gıda alerjisi, besinler yolu ile alınan alerjenlere karşı vücudumuzda bağışıklık sistemi tarafından gerçekleştirilen reaksiyonlardır. Bazı gıdalara (fıstık, süt, domates vb.) karşı vücudumuzda histamin ve farklı kimyasalların salımına bağlı olarak bilindik alerjik reaksiyonlar görülmektedir. Bu reaksiyonlar genellikle anjiyoödem, ürtiker, kusma, ishal ve astım, öksürük, burun akıntısı gibi bazı solunumsal belirtileri içerir. Gıda alerjisi az kişide görülür ve kısa bir zaman diliminde ciddi etkilere neden olabilir. Örneğin; fındığa veya deniz mahsullerine gıda alerjileri olan kişiler 1 saatten az zamanda anafilaktik şoka girerek nefes bile alamaz hale gelebilirler.
Gıda intoleransında ise yediğimiz yiyeceklerin olumsuz etkileri, bağışıklık sisteminin bir etkisi olmadan 3-24 saat arasında ortaya çıkmaya başlar. Normal beslenen bir insan, 24 saat içinde birçok yiyecek yediği için, yaşadığı sorunun gıda ile ilgili olduğunu bilse bile hangi gıdadan olduğunu tespit etmesi çok zordur. Farklı besin gruplarına intoleransı olan kişilere doktorlar tarafından tanı konulması da oldukça zor olabilmektedir. Gıda intolerasında en sık gözlenen belirtiler ise şişkinlik, migren, baş ağrısı, öksürük, burun akıntısı, karın ağrısı, huzursuz bağırsak sendromu ve kurdeşen olarak sıralanabilir.